latexdiffでsectionを変更したときに出るエラーをスキップする

latexdiffで,オプション--exclude-textcmd="section,subsection,subsubsection"を付けて実行すれば良い. latexdiff --exclude-textcmd="section,subsection,subsubsection" a.tex b.tex > c.tex

執筆の管理

論文などの文書ファイルはGitとGithubでバージョン管理している. 論文を書く際に,書かないといけないことや見直さないといけないことをGithub isssuesにリストアップしている. コミットするときに,git commit -m "fix #123"などとしてリストを消していく…

fswatchによるファイル変更検知

fswatchをインストール $ brew install fswatch 使い方 $ fswatch {監視したいディレクトリやファイル} | xargs -I{} {実行したいコマンド} latexのコンパイルとかに便利. $ fswatch manuscript.tex | xargs -I{} pdflatex manuscript

gitとlatexdiffを連携させる

gitの前のバージョン(HEAD)を取り出して,現在のファイルとlatexdiffする. シェル上では次のように実行すれば良い. $ git show HEAD:./$1.tex > tmp.tex $ latexdiff tmp.tex $1.tex > diff_HEAD_$1.tex; bashrcやzshrcに書いておくと便利. function gi…

Total FinderみたいなものをOSX El Capitanで実現する

OSXがEl CapitanになってからTotalTerminalが動かなくなった. なので,Alfredの呼び出しを使ってみたり,iTerm2のホットキーを使ったりしていた. ただ,困ったことに,違うアプリを全画面表示しているときに同じウィンドウでターミナルが呼び出せない. 全…

Package babel Error: You haven't defined the language en yet.

Latexでタイトルのようなエラーが出た. bibファイルの中にLanguageがあると出るみたいなので全部消した. Mendeleyでbibファイルを管理している場合,Property --> Document Details --> Journal Article (もしくは編集したい論文の種類) --> Languageに…

dvipng was not able to process the following file...

matplotlibのsavefigでタイトルのようなエラーがでて,かつ, Here is the full report genrated by dvipng のあとに何も表示されていない場合,dvipngをインストールすれば良い. >> sudo apt-get install divpng

ValueError: Found array with dim 3. Expected <= 2

Scikit-learnでこんなエラーが出たら結構面倒なことになる. 0.15から起こるエラーらしくて,sklearnが受け付ける特徴ベクトルをn_samples x n_featuresのみに制限している. つまりXとして,行列しか受け付けないよ,ということらしい. scikit-learn/sciki…

MacのOctaveでPTBを起動する

よく分からないけど,突然MacのPTBが使えなくなったので検索すると以下のページが出てきた. 4 MacのOctaveでPTBを動かすときの注意点 これによるとOctaveを起動する前にDYLD_LIBRARY_PATHの設定が必要なようだ. 僕の環境の場合,HomebrewでOctaveをインス…

Fatal Python error: PyThreadState_Get: no current thread

Mac OS 10.10上のAnaconda python2.7でSPAMS (SPArse Modeling Software) をインストールするとタイトルのエラーが出てpythonが終了する. 次のようにsetup.pyを書きなおしてインストールすると,とりあえず動いた. if osname.startswith("macosx"): cc_fla…

ZeroProbability: Stochastic %s's value is outside its support, or it forbids its parents' current values

原因不明でタイトルのようなエラーが頻発していたが,pymcをupgradeしたら起こらなくなった.

Time Machineのフルバックアップ

Mac

4年弱使用したMacBook Pro 13からMacBook Pro 13 retinaに移行した. 新たな気持ちで新しいMacは使いたいから,移行アシスタントなんて使わない」 という人がネット上に散見されるけど,「相当暇なのかな」と思う. もちろん僕は移行アシスタントを使って,…

latexdiffでの改行コードによるエラー

latexdiffがエラーばっかり吐いているので,それの対処法.いつの間にかtexの改行コードがLFからCRに変更してしまったらしく, Missing characters near word 1352 character index: 8492-8497 Length: 4 Match: |The | (expected match marked above). とい…

MacVimでメニューバーのメニューを消す

vim-latexを使っているせいか,MacVimのメニュー項目が長くなり,メニューバー右上のアイコンが省略されている場面が多々ある. どうにかならねーかなー,と思ったらたまたま下の記事を見つけた. 【MacVim】メニューバーでアイコンが見えない! | blog.remo…

主成分分析(PCA; Principal Component Analysis)を丁寧に解く

この間書いた記事で,codecogsのOnline Latex Equation Editorを使えば,はてなダイアリーでもキレイな数式を書けることが分かったので,昔書いたPCAの導出を載せておこうと思う. PCAは固有値分解で主成分を抽出する写像を求めることができるんだけど,多く…

再生核ヒルベルト空間をなんとなく理解する

タイトルの通り再生核ヒルベルト空間を何となく理解する. 厳密ではないし,証明も書いていない. 僕はかなり忘れっぽいので,「わかんなくなったなー」と思ったときに見るメモ用. 問題 入力ベクトルを非線形写像によって高次元空間へ移して,その高次元空…

オンラインでドイツO2のプリペイドSIMをチャージする

前章「ドイツO2でプリペイドSIMを買う」はこちら.Flatrateの期限が過ぎているのをすっかり忘れて,繋いだら以下のようなページが現れたので,「これ,オンラインでチャージできんじゃね?」と思い,やってみた. 試行錯誤した結果,SIMフリーの携帯電話がな…

ドイツでデータ通信用のSIMカードを入手してb-mobile Wi-fiで使う

ドイツに少しだけ滞在したので,SIMカードを買った. ググってみて,O2が値段的にも良さそうだったので,Zoologischer garten駅近くのO2ショップに行った. (最寄りの駅はZoologischer garten駅から地下鉄U2で1駅のWittenbergplatz駅.O2ショップの住所はTa…

Mail.app(Mountain Lion)の返信アドレスがアカウントのデフォルトアドレスになるのを何とかする

Mac

MacをMountain Lionにしてから,メールに返信する場合,いちいちメールアドレスを治す必要があって,だいぶイライラしてたのですが,解決しました. 問題 問題は下のサポートコミュニティでも話題になっています. Mail 6.0でのメール送信アカウントについて…

査読プロセスのまとめ

最近,やっと最初の原著論文が受理されたので,査読に要した時間をまとめておく. なんか手探りでやってたので,これから投稿する人の気休めになれば嬉しい. 投稿先は,. IEEE Transactionsの中では,そこまでインパクトファクターは高くないが,僕の研究…

日本学術振興会科学研究補助金に対する謝辞

たぶん,ここ 使用ルール | 科学研究費助成事業|日本学術振興会 に書いてあるように, This work was supported by MEXT/JSPS KAKENHI という感じ. Grant Numberには,研究種目も含めたほうが良いかも. ("Grant-in-Aid for Scientific Research (S), 123…

muttのメッセージヘッダ取得が遅い

muttでGmailをimapで見ている.メールボックスを開こうと思ったら,「キャッシュ照合」はすぐ済むが,「メッセージヘッダの取得」がなかなか終わらない.ヘッダのキャッシュは, set header_cache=~/.mutt/cache/headersとしているので,とりあえずこれを, …

GNU Octave 3.4.0 Mac OS X

Mac OS XへのGNU Octaveのインストールは,下でバイナリで配布されているので便利です. Installing MacOS X Bundle あんまり使ってはいないのだけど,久しぶりに使ったら, warning: broken pipe -- some output may be lost とかでて,グラフをプロットで…

公共のWi-Fiに繋がらないときにやってみること

Mac

マクドナルドに行ったときにMacBookでWiFiポイント「mobilepoint」につなげてみると, 接続されているが,ログイン画面が出ない.インターネット使えない.こういうときは,Google Public DNSなどのDNSサーバを設定していることが原因かもしれない.DNSサー…

SafariのPDF表示をPreview.appにする

Mac

先日,Adobe Readerをアップデートしたら,SafariでPDFを表示する際に,Adobe Readerがいちいち起動してきやがる.Adobe Readerは重い感じがするので,Preview.appに戻すために,Adobe Readerの環境設定からInternet Pluginのチェックを外すことにした. し…

AtermWM3600Rに繋いだときのターミナルの反応遅延を解決する

家のインターネット環境をWiMAXに変えた.将来的に,機器追加オプションやらファミ得パックを追加する予定なので,UQ WiMAXで契約. 家では,下り4Mbpsくらいと少し遅めなのが少し残念だが,そこまで遅いという印象は無い. 光の速さなんて,僕には要らなか…

Matlab/Octaveからメールを送る

Matlabにはsendmailというコマンドがあって,Matlabからメールを送信することができる. アドレス リストに電子メールを送信 - MATLAB 初心者によるMATLABメモ | sendmail しかし,Octaveにこの機能は無い. なのでPython + Gmail + systemコマンドを使って…

Pythonを使ってGmail経由でメールを送る

「計算が終わった」とか「スクリプトが終わった」とか「コンパイルが終わった」とか,そういうときに通知が欲しい. そこで,メールを使って通知させることにする. 作業が終わったら,サーバからメールを送ってそれをメーラで受け取ることで通知になるわけ…

WindowsをSSH経由でX windowのクライアントにする

やりたいことは,WindowsでLinuxのサーバにSSHで繋いでGUIアプリケーションを動かすこと. cygwinを使ってもできるが,結構大掛かりになるので,今回はTera TermとXmingという2つのソフトを使って環境を作る.Windows XPしか持ってないので,それでやります…

LaTeX環境

僕のMacにおけるLaTeX環境がほとんど完成を迎えたのでメモしておく. Macにおいて,LaTeXを使う人でなんとなくTeXShopが好きになれない人は参考になると思う.MacでTeXといえば,TeXShopがかなり快適な環境を提供してくる. エディタにあまりこだわらない人…

Homebrewでaspellをインストール

Mac

Homebrewを使って,単に $ brew insall aspellとすると, For the following languages aspell dictionaries are available: af, am, ar, ast, az, be, bg, bn, br, ca, cs, csb, cy, da, de, de_alt, el, en, eo, es, et, fa, fi, fo, fr, fy, ga, gd, gl, …

Gnu Octaveにおけるipermuteのバグ

どうやらOctaveのipermuteにはバグがあるらしく,ググれば以下のような報告を見つけることができる. ipermute function does not perform appropriate permutation of tensor modes まだ,3.2系だと治っていないっぽいので,対処法をメモしておく.まず,pe…

BibDeskのPDFを保持してMendeleyにファイルを移す

文献管理のBibDesk文献管理ソフトとしてBibDeskを使っていたが,最近はMendeleyを使っていたりする. しかし,BibDeskで管理していた文献のhoge.bibを読み込ませても,MendeleyにPDFが登録されない.これはすごく面倒. なので,ほっといて新しい文献だけMen…

tmuxでdetach

tmuxで複数のクライアントから接続したときに,どちらかのクライアントからの接続をデタッチする方法. 忘れそうなのでメモ. 状況 職場から家に帰る. 自宅からサーバにつないで作業の続きする 「なんか画面がおかしい.変な余白できる」 「職場でtmuxにア…

多次元信号処理・テンソル計算用のMATLAB/Octave関数

ちまたでは,多次元配列信号処理と呼ばれるものがひっそりと研究されている. 多次元配列処理を行うためのMATLAB/Octave用の基礎的な関数(unfoldとfold,Nモード積)をつくったので,需要があるか分からないが晒しておく.ダウンロードはこちらから. http:…

スリープを良い感じで運用する

Mac

Macは基本スリープにしているので,電源をきることがあまりない. 最近,寝ているときはアップルメニューからスリープを選んで,スリープさせてた. しかし,外部ディスクの影響か何かよく分からないが,勝手にスリープが解かれてメールの着信音で目が覚めて…

fig2devをインストール

バイナリ版のOctaveでprintで図をEPSに出力しようすると >> print test.eps -depsc warning: print.m: fig2dev binary is not available というエラーが出た.fig2devがなんなのかはよく分からないが,次のようにして図を出力することができた. まず,下の…

Alfredに関する覚書

Mac

Mac用のランチャAlfredをしばらく使ってみて,なかなか良さそうなのでそれに関する覚書.「Spotlightの代わり」+「ホットキーからWeb検索」の2つがとりあえずの目的.まず,インストールは Alfred App から,ダウンロード. 有償版もあるらしいけど,とりあ…

\maketitleのフィールドを消す

\maketitleとすると\titile{}や\author{},\date{}などに書いたものが良い感じで挿入される. ここで,最低限の変数を指定していないとエラーが出たり,タイトルに変な空白ができたりする. しかも,\date{}を指定しないと今日の日付が指定されてしまう.も…

グレイスケール印刷

Mac

研究室にカラープリンタしかないので,印刷物がカラーで出てくるたびにランニングコストが気になっちゃうぜ.てことで,印刷の設定で白黒印刷ができないか試したら出来た. 以下手順. Command + Pで印刷ウィンドウを開く. 図中 "1" で示した選択から「カラ…

ps2epsをインストール

ps2epsを使えば,PSファイルを簡単にEPSに変換することができる. インストール手順のメモ.環境はMac OS 10.6.以下から,ps2eps-1.68.tar.gzをダウンロード. PS2EPS - Tool for generating Encapsulated Postscript Format (EPS,EPSF) files from one-page…

Mac OS X Snow leopardを新しいパーティションにクリーンインストール,その後パーティションをゴチャゴチャいじる

Mac

Lionにアップデートしてからというもの,スリープからの復帰に失敗したり,ミッションコントロールが使いにくかったり. Tigerからのファイルもあったりするので,Snow leopardにダウングレード & クリーンインストールすることにしました. とりあえず,iTu…

Logic Pro 9 Upgrade版のクリーンインストール

Logic Pro 9 Upgrade版を買ったが,OSをクリーンインストールしてしまった. Logic Pro 8は消えたが,インストールできるのか?と思ったら,Logic Pro 8のシリアルナンバーを要求された.シリアルナンバーはちゃんとメモっておこう.Logic Studio 8のパッケ…

UpTeX.appのhiragino.mapを編集する

UpTeX.appを使っているのだが,本文はヒラギノ明朝 Pro W3なのに,太字指定するとヒラギノ角ゴ Pro W6が埋め込まれるようだ.それはそれでいいんだけど,W3とW6だと少し違和感を感じる. なので,太字フォントをヒラギノ角ゴ Pro W3に変更する.そのためには…

Skypeの通知をやめさせたり,Growlのオプションに関するメモとか

Mac

Skypeをアップデートしたら,「コンタクトがオンラインになった」とか「コンタクトがオフラインになった」とか,いちいちGrowl越しに言われるようになった.ウゼいな,知らねぇよ,いちいち言うなよって感じです. Skypeの通知は「設定」→「通知」タブから細…

latexdiffをインストール

Latexdiffは,2つのTeX文書の差分を見て,イイ感じに強調表示してくれるヤツです. こんな感じ. インストールする インストールは簡単です.MacならMacportsかFinkにあります. ソースからコンパイルもできる.ソースファイルは下記リンクからダウンロード…

pdflatex --shell-escapeを使ったときに図中フォントを埋め込む

pdflatexを使えば,TeXファイルから直接PDFに変換することができる.内部で何をやっているかは知らないけど.pdflatexはEPSをそのまま挿入することができないので, $ pdflatex --shell-escape hoge.texという感じで,--shell-escapeというオプションをつけ…

Terminal.appとiTerm.app上のVim

Mac標準のTerminalとiTerm(iTerm2)との違いは良く分からないけど,TotalTerminalが使えるので,Terminal.appを使っている.最近,iTermを使ってみて,iTerm上で動かしているVimではマウスが使えることに気づいた.文字をマウスで選択するとビジュアルモー…

! LaTeX Error: File `beamericonarticle.bb' not found.

beamerで書いたスライドなんかをdvipdfmxを使ってPDFにすると, ! LaTeX Error: File `beamericonarticle.bb' not found.というエラーが出る. これは,thebibliographyを使ったときの, こういうヤツを埋め込むときに「beamericonarticle.bbが無いよ」と言…

MacVimでペーストできない

MacVim-Kaoriyaを愛用しているのですが,Lionにアップデート後,なぜかヤンクしたあとペーストが出来ないという問題にはまった. エラー内容 ヤンクした後に,ペーストすると E353: レジスタ * には何もありません というエラーがでる. なぜ起こるのか どう…