BibDeskからMendeleyに移行

研究

僕は文献管理方法として，BibDeskを使っていました．
ただ，そんなには活用できていなくて，読もうと思った論文PDFを，その論文の配布サイトで落としたBibTeX形式の引用情報（著者名，雑誌名，年，タイトルとか）と共に，登録しているだけです．
そうすると，{任意のディレクトリ}/{第一著者名}/{年}-{論文タイトル}.pdfという感じで自動的に保存されるようになっています（例えば，Papers/Axl/1987-Welcome to the jungle.pdf）．

ファイル名を管理すると，Mac OSのSpotlightで探しやすいというメリットがありますが，いかんせんBibTeXに登録するのが面倒なのです．そこで，ときどき名前を見かけたMendeleyを使ってみることにします．


何となく試してみた結果，Mendeleyはすごく便利だということが分かりました．
僕が感じたMendeleyの利点は以下．

  • 登録した論文と引用情報をWebで確認できる - Mendeleyにログインすれば，Mendeley Desktopで登録・同期したものを確認できます．論文PDFもダウンロードできます．今流行のクラウドで，バックアップという点からも良いと思います．論文自体はローカルに整理されて保存できます．
  • 論文PDFを登録すれば自動的に引用情報を読み取ってくれる - Mendeley DesktopにPDFを追加すれば，タイトル・著者・雑誌名と言った引用情報を精度高く読み取ってくれます．
  • 論文タイトルから自動的に引用情報を探してきてくれる - PDFから情報を読み取れなくても大丈夫．論文タイトルを入力すればネットから引用情報を探してきます．
  • ローカルファイルがきれいに整理される - BibDeskでもできましたが，よりキレイに整理できるという印象があります．
  • 特定のフォルダを監視 - あるフォルダを常に監視して，ファイルが追加された場合，Mendeley起動時に登録される．論文追加が楽．
  • BibTeX形式で書き出せる - まぁ，必要だったら．
  • 見た目が良い - 好みの問題．
  • iPhoneからも見れる - 試してないけど便利だと思う．iPad持ってたらすごく便利だと思う．

しかし，
引用情報の正確さが必要だったら，以下の手順はおすすめ出来ません．
MendeleyもBibTeXからのインポートが出来るのでそちらを使いましょう．

以下のような手順で論文を整理できます．

アカウントを作る

まず，Mendeleyのウェブサイトでアカウントを作ります．
この以下のサイトが参考になると思います．
Mendeleyの使い方 - 水の中が落ち着く
基本的にはメールアドレスとパスワードを登録するだけです．他の項目は適当で．
アカウント作成が終わったら，Mendeley Desktopをダウンロード．

http://www.mendeley.com/download-mendeley-desktop/
ちなみに，僕はMac環境（Mac OS X 10.7）です．
WindowsとLinuxのクライアントもあります．試していないですが，だいたいできることは一緒だと思います．

Mendeley Desktopの設定

Mendeley Desktop.appを開きます．

いい感じに，Mendeleyを設定します．



ローカルファイル（PDF）を整理して保存する方法です．
メニューバーのPreferences...を開き，タブからFile Organizerを開きます．
以下の画像のように設定します．

  1. 「Organize my files」のチェックボックスにチェックを入れます．
  2. 「Copy file to:」の欄にファイルを保存したいディレクトリを指定します．僕の場合はDropboxのPapersというフォルダにしました．
  3. 「Sort files into subfolders」には，どのようにサブフォルダを作るかを指定します．僕は指定していません．
  4. 「Rename document files」には，PDFファイルがどのようにリネームされて，保存されるかを指定します．僕の場合はファイル名として，発行年と論文タイトルを指定しました．

この例の場合，論文の発行年が「1987年」，論文名が「Welcome to the jungle」の場合，Mendeleyに論文ファイルを登録すると次のようにリネームされ保存されます．

Papers/1987 - Welcome to the jungle.pdf

ちなみに，これらの設定は後から変えても良くて，変更した場合，すでに登録したファイルもリネーム・再保存されます．

すでに持っている論文PDFをMendeleyに追加する

僕の場合はBibDeskで管理していたときもPDFファイルはあるフォルダに入れていました．
そのファルダ内のPDFをまとめてMendeleyに追加できます．
メニューバーの「File」から「Add Folder...」を開きます．

PDFファイルがある場所を選びます．
僕は200本ほど論文がありましたが，かなり早く読み込みました．
読み込み後は，自動で先ほど設定したフォルダにリネームされてコピーされます．
File Organizerを設定していなければ論文ファイルの場所は変わりません．
読み込み中に，PDFから引用情報を読み取っています．
仕組みは良く分からないですが，結構精度が高いです．
自分で読む文献を管理するだけなら，今の手順だけで良いかも知れませんが，引用に用いたりする場合は，自分で確認した方がよいと思います．



うまく読み取れなかった論文は，サイドバーの「Needs Review」というところに入っています．

出来てないファイルをクリックすると，たいがい論文タイトルから間違っているので，それを手動で正しく直します．
論文リストをクリックしたときに出てくるDetailsのところに以下のようなウィンドウが見えているはずです．

「Search by Title」をクリックして論文を探します．
論文がうまく見つかった場合，引用情報が自動で更新されます．
僕の論文リストでは見つからないことはありませんでした．流石ですね．
論文が見つかって，情報がだいたい合っていると思ったら「Details are Correct」を選びます．

ちなみに，もう一度タイトルから論文情報を検索したい場合は，論文リストをサイドリストの「Needs Review」にドラッグすれば，再び再検索できます．

さらに論文を追加する

僕はデスクトップのあるフォルダに，最近見つけた論文を入れて暇なときに読んでいます．
そこに入れた論文をMendeley起動時に自動的に追加させます．
メニューバーの「File」から「Watch Folder...」を開きます．
そして，以下のように監視したいフォルダ（~/Desktop/IEEE SPS）を指定します．

こうすると次回起動時に論文を読み込んで登録してくれます．
もし，前に追加したファイルが残っていても，そこはうまいことやってくれている見たいです．二重登録は起きませんでした．

DOIを使ってより正確な引用情報をゲットする

「Search by Title」は，Google Scholarの検索結果を基にしているみたいですが，不正確な情報も多いようです．
論文情報にDOI（Digital Object Identifier）を追加すれば，より正確な引用情報を自動で得ることができます．
DOIは，例えばIEEEが発行した論文だと，下図の赤枠に表示されている部分です．

このDOIを論文情報編集ウィンドウの「Catalog ID」の「DOI」に入力します．

横の虫眼鏡のアイコンをクリックすると，DOIで検索されます．

上図のように「Lookup Succeeded」と表示されれば，成功です．
より，正確な引用情報が登録されているはずです．




不満点など．

  • PDFから読み取った情報は信頼性が低い．雑誌名が微妙に間違っていたりします．論文の参考文献リストとして使いたい人は，引用情報をしっかりと論文サイトからダウンロードして使ったり，DOIを使った方が良い．
  • 「Search by Title」を使ってもページ数などが微妙に間違っている．新しい論文ほど間違えます．古いものはかなり正確な情報を得ることができます．

しかし，論文整理などには，それほど手間をかけなくても良いし，アプリケーションも使いやすいので，非常に便利なのではないでしょうか．